在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究分析成果

1、从光敏培养计划人体细胞中导入DNA交连淀粉酶质

方便隔离光化学交连蛋清质-DNA结合物使用在LC-MS确定分享，原作者的开发了种退行纯化方案范文，可从DNA中洗去非说化学交连蛋清质，仅在照晒时确定直观什么是基因组排斥聚集DNA化学交连蛋清质。用TRIZOL提炼固色质并洗去执行死刑获的非化学交连蛋清，最后将其二次分解以确定RNase代谢。确定超声心动图截取视频得到蛋清质化学交连DNA的提炼物，在硫氰酸胍中煮开退行，并在二腐蚀硅离心法柱上轻微洗條以洗去非说化学交连蛋清质终会成功。确定核酸酶进行处理从DNA中保持光化学交连蛋清，并确定胰蛋清酶代谢使用在LC-MS确定分享。该方案创建为蛋清质化学交连DNA提炼或XDNAX。

图1.蛋白酶质交连DNA获取或XDNAX流量图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会碰到DNA的血清质图谱

将光化学交联技巧应用于MCF7上皮细胞系，显示了1,805种得票率球血清，表中1,191种存在着于3个或更加次多次重复中。60%的DNA之间目的组带着核酸紧密结合在一起的GO注脚，在欠缺核酸紧密结合在一起注脚的球血清质中，极限的提供源于核纤层球血清，第二步是参于染色的质机构和上皮细胞系分裂主义的球血清质（图2）。

图2 . 可直接的碰到 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结报告了DNA互相功能组所隐藏的高血清质-DNA画面非常含盖的核苷酸化学交联肽。这主要包括主要是因为（1）球状DNA融入框架域、（2）DNA 融入周期性区（IDR）和（3）主要是因为与别高血清质（比如说组高血清融入高血清）、RNA（比如说剪接指数）或相区分区室（比如说核仁高血清）互相功能而致使的环镜相近。

图3 . 可随时使用 DNA的结构的域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量肿瘤细胞扰动前几天与DNA配合的转录分子

雌性刺生长激素类多巴胺受体α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，直至遭到其配体，晕人易位到内部核，在去那里它与基因组组中的指定行政区域紧密结合以激发指定的转录流程。将血清饥饿的MCF7内部爆出于高摄入量雌性刺生长激素类（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与虚拟处里的剖析内部会比较什么和什么的DNA相护效果组（图4A）。中间，雌性刺生长激素类刺击后DNA相护效果组中的ESR1提高了30倍（图4B）。总的而言，在1,814个定量分析的淀粉酶质-DNA相护效果中，约有9%展现出突破2倍的为显著转化，并通过观察到与ESR1存在相护效果的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌皮质激素加工处理乳腺纤维癌神经元 DNA 共同效果组的降钙素原检测对比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探析分析进DNA组的淀粉酶质以掌握它是是如何被写入并付诸实际的，常期是科研工作工作人员一两个常期的执着。DNA组可及性主耍以DNA为中间的的角度来进行探析分析，而是，到当前就行，着色质凝露中的那些淀粉酶质与DNA 发生物理学双方的功效尚不很清楚。选择零相距光化学交联，可出现DNA双方的功效组中的基本都数淀粉酶质，XDNAX技术应用将当作淀粉酶质-DNA双方的功效探析分析的整体实力强大手段。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质组学、遮盖组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.