
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于免疫抗体外来物种特喜欢的人、寡核苷酸淡化成本低过高或进行操作工作流程复杂的。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯教受项目团队在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个低利润、跨外来物种、全app兼容的全新解决方案。
期刊杂志简绍
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由国家小学科学实验的校基因与健康成长生态学学深入分析所和国家基因医学界会主办者的世界科研界中文核心杂志学术期刊杂志,全力于宣传报道自己生命小学科学实验的和医学界基因学业务域的亚无性深入分析收获。JGG 202多年度影向大分子7.1,Scopus科研界中文核心杂志学术期刊杂志评定技术指标CiteScore 9.9,榜排JCR 202多年度GENETICS & HEREDITY业务域Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY业务域Q1区,榜排国家小学科学实验的校中文核心杂志学术期刊杂志系统盘生态学学专业类别1区(Top中文核心杂志学术期刊杂志),基因学和血生化与大分子生态学学小类双1区。BIOPROFILE
那些是HEATag
正确的“二一体化”来设计
HEATag是由凝集素和HUH内切酶形成的相融淀粉酶
「市场定位器」接口 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化遮盖(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「联接器」控制器 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)检索长条码采取共价无线连接。
“1+1>2”的实际效果:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样板标识与可追溯。
Fig1: HEATag多厚图标的工作原理展示图
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实际开展
HEATag无论有点能打?
可能在不相同的条件下,满足乳期動物受损上皮细胞系单受损上皮细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。钻研组织为 HEATag 配置了多轮 “压力值考试”,从神经人体细胞系到神经人体细胞,从常温状态到低溫,从新鲜样表到确定样表,全位置安全验证它的固相关性和信得过性。
第1 轮检验对於喂乳食草动物肿瘤生殖细胞核系:实验的人员选定 了源于人、鼠、仓鼠3个种群的哪几种肿瘤生殖细胞核(HEK293T、K562、MEF、CHO),在空调温度下能 HEATag 标记图片后混合型测序。决定性环保再生资源回收的 11447 个肿瘤生殖细胞核中,85.66% 都能采用 HEATag 方形码合理自动匹配到原种群,范例间交差环境破坏非常少,UMAP 聚类定性分析法定性分析不仅直观表明,HEATag 方形码与种群活性朋友基因组组功能角度相同。 好了,测试仪经济必要状况进一点版本升级:论述人数试试看在 4℃下记号生鲜组织血神经元、在常温下记号甲醇放置组织血神经元,虽然真接记号组织血神经元核。后果照样完美:所以经济必要状况下,样版标鉴与动物群资料均有特别好的相关性分析,拆成更错误率超 95%。然而甲醇放置会形成偶尔的转录本交叉性环保问题,组织血神经元核制取出现极富 RNA 离职,组织血神经元类型的的注脚后果照样与生鲜样版保持良好不对,证件 HEATag 也可以记号不同的解决经济必要状况下的测试样版。
Fig2: HEATag 可在多种经济条件下顺利完成单受损细胞转录组混样深入分析
能图标哺乳期两栖动植物和深海无脊柱两栖动植物的原代体细胞
这样说肿瘤体细胞系测试测试是 “知识基础题”,那组织安排样品只是 “额外增加题”, 此类样品之所以因肿瘤体细胞类形冗杂、区域环境自主性性特俗,为标示技术设备的 “重点困惑”,而 HEATag 刚好在此类 “重点困惑” 上呈现了主要优势。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸策划 ,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞不止能被精确度辨认,大部分主耍组织细胞内型的聚类分析法结杲都不清可辨。
更令人惊喜的是HEATag对海域菌物的自适应性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 长形码与植物物种转录组具备有较高相同性,未显现因高盐场景造成的 “记号不可用”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可改变母乳喂养部分动物团体样版很多 scRNA-seq 剖析
Fig4: HEATag可实现目标新鲜感海底无脊梁骨各种动物诸多 scRNA-seq 进行分析
HEATag与肿瘤细胞的结合实际不因起转录组的强势变更
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在到位标记图片神器任务的与此同时,不是对售后的转录成分析有干预,保证质量了钻研数据表格的公正性性。
Fig5: HEATag会关系范例的 RNA 传达方法
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未来十年可期
HEATag 能为单细胞核研究方案面临一些 ?
HEATag 的币值,远只有于 “化解记号一些问题”,它的便捷性和普遍意义,在为单人体细胞论述拉开太多或者性
从使用场合来了解
HEATag 能合并从 “方便相比分析一下”(如癌组建与正确组建、抗癫痫药物工作与比对)到 “大投资额探究”(如组建神经内部图谱制图、mtk量建立)的全位置要。跟随着 PIP-seq、Stereo-cell 等新型产品可映射科技的进展,HEATag 还能进每一步上升单神经内部探究的通量,推动教育科研团队协作深入推进更强投资额的业务。从跨前沿技术潜质看
HEATag 不单单适合于转录组学,还能与表观什么是基因组学、核氨基酸组学、面积组学等新技术水平联系,依据来样加工字段和寡核苷酸队列,HEATag 会方便融于有差异 的组学方法,不危害讯号猎取长度。同一时间,系统设计HEATag还会快速发展单神经元糖组学论述新技术水平。BIOPROFILE
战略合作动图
拜谱动物与陈凯硕士生导师取得阶段性加盟意向但这并
可以关注公众号的是,在 HEATag 枝术出流露出巨型软件APP潜能的情况下,拜谱生物技术体建筑工程已与南方城市浮游生物技术资源进行实验英文与建筑工程惠州市进行实验英文室(南京)陈凯老师形成逐项相互合作有意向。甲乙双方年度计划环绕 HEATag 枝术的房产化下地、教学科研项目变为等角度展开图程度合作,驱动这一个极有效率率价、跨动物群的单体受损受损细胞标志枝术很快软件APP于实践教学科研项目场景中,为更加进行实验英文室展示极有效率、经济能力的单体受损受损细胞教学科研软件工具,注力教学科研项目工作上者在体受损受损细胞生物技术体建筑工程学、浮游生物技术资源生物技术体建筑工程学、传染性疾病体系等科技领域要先拿到更加推动